Het akkoord tussen decanen en college dat op 5 juli is bereikt en nu naar buiten wordt gebracht, is gebaseerd op een aantal uitgangspunten. Van Vught: 'We zijn het volledig eens met elkaar. De decanen gaan er con amore mee aan de slag.'
In het kort komt het hierop neer: in de nieuwe structuur komen er drie tot maximaal vijf faculteiten en vijf tot maximaal zeven instituten. Het onderzoek berust op programma's; deze worden al naar gelang hun kwaliteit gefinancierd. Er komt een nevenschikking van bevoegdheden tussen decanen en wetenschappelijk directeuren. Zij vormen samen het Managementteam van de UT. In de faculteiten zijn disciplines, onderwijsprogramma's en onderwijsgebonden onderzoek ondergebracht. Al het andere onderzoek gaat naar de instituten, die onderzoekers vanuit de faculteiten 'inkopen'. Er dient een samenhang te zijn tussen het instituutsonderzoek en het onderwijsgebonden onderzoek. Tussen decanen en wetenschappelijk directeuren dienen afspraken te worden gemaakt over het te voeren personeelsbeleid. De rector verwacht dat er binnenkort een bottom-up plan op tafel zal liggen welke faculteiten met elkaar zullen samengaan.